A fundação de Tabatinga está intimamente relacionada à expansão da cultura cafeeira para o oeste paulista, verificada a partir da década de 1850. Entretanto, os Campos de Araraquara já eram conhecidos desde o século XVIII, quando por aqui passaram os bandeirantes que buscavam ouro em Goiás e Mato Grosso, utilizando-se para tanto, o Rio Tietê e o “Picadão de Cuiabá”.
 
Segundo informação do Sr Antonio Amâncio de Souza, testemunha idônea da formação deste núcleo urbano, Tabatinga teve sua origem da seguinte forma:
No final do Século XIX existiam nesta zona do Estado de São Paulo grandes núcleos de terras que eram vendidos pelo Governo da Época, através de seus emissários no interior, por importâncias mínimas. Naquela época, havia aqui dois grandes núcleos: a Fazenda Santana e a Fazenda São João das Três Barras.
A Fazenda São João das Três Barras era assim denominada por fazer convergência entre três cursos de água: Ribeirão São João, Córrego do Meio e Córrego do Cavalo. Juntamente com a Fazenda Santana, formavam a gleba que hoje é uma grande parte do município de Tabatinga.
Os 5.000 alqueires que formavam a Fazenda São João das Três Barras foram adquiridos por Custódio José do Vale, pela quantia irrisória de $900.000 (Novecentos mil réis). Com sua morte a herança passou para seu genro Izaias Xavier do Vale e sua mulher Mariana Antonia de Jesus, e à cunhada Bárbara Lyra da Castidade, que deixou em testamento como seu herdeiro, Izaias Xavier do Vale e em sua falta o sobrinho Francisco Quintino do Vale.
Joaquim Pinto Ramalho, outro desbravador de sertões, e parente de Izaias, possuía à margem esquerda do Córrego do Cavalo uma pequena área de 20 alqueires, que doou ao Bispado de São Carlos, em louvor à Nossa senhora do Bom Conselho, que hoje é padroeira de Tabatinga. Esta área formou o Patrimônio em que hoje está situada grande parte da zona urbana de Tabatinga e cuja escritura de doação foi definitivamente assinada por Izaias Xavier do Vale em 08 de maio de 1896.
 
Além do Patrimônio de Nossa Senhora do Bom Conselho, outra porção de terra de 10 alqueires foi doada ao Bispado de São Carlos por Mariana Antonia de Jesus, esposa de Izaias. Este novo Patrimônio, que passou a denominar-se Santa Cruz, está localizado à margem direita do Córrego do Cavalo.
Nessa época, foi construída no Patrimônio de Nossa Senhora do Bom Conselho, quase à margem do Córrego do Cavalo, uma pequena casa, de propriedade do fazendeiro João Lopes Marins, que residia no sítio Macaia, a três quilômetros  dali. Essa casa foi alugada a João Satyro que ali instalou uma pequena taberna. Outros casebres foram construídos e formou-se, assim, uma pequena povoação que denominaram São João das Três Barras.
O progresso acentuou-se, e em pouco tempo a lavoura tomou incremento. Em 1908 foi elevada à categoria de Distrito Policial com a denominação de Distrito do Jacaré, em São João das Três Barras.
As primeiras autoridades nomeadas para o Distrito Policial foram as seguintes: Antonio Thomaz de Souza, Sub-delegado, Carlos Guimarães, 1º Suplente, Antonio Pinto de Mendonça, 2º Suplente e Raphael Mastrocezare, 3º Suplente.
 
Tabatinga em tupi-guarani significa: Taba = Casa, tinga = branca.